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A continuación hay una explicación paso a paso para generar una tractografia desde 0
Para realizar una tractografia hace falta generar los objetos de la imagen en el orden de arriba a abajo, siendo la primera máscara opcional pero recomendada para hacer los pasos siguientes más rápidos.
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Cuando se abre el programa desde el Planificador NVML la carpeta de salida se selecciona automáticamente, en caso de abrirlo de otro modo debe seleccionar la carpeta del paciente en el catálogo
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La aplicación permite realizar la carga de los archivos DICOM de la resonancia de difusión o los archivos de procesamiento para tractografia (NIFTI, BVALS, BVECTS) uno por uno, o si los tres están en la misma carpeta abrirlos en una sola búsqueda.
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Para mantener compatibilidad con el Planificador/Navegador se debe importar desde DICOM al menos la primera vez, si se abre desde archivos para tractografia no se podrán importar en una planificación y mostrar en la navegación.
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Al hacer clic en el botón Abrir desde DICOM Se abrirá un selector para abrir desde una carpeta con archivos DICOM, cuando se seleccione se realizarán las conversiones necesarias y se exportarán en la carpeta de salida seleccionada o puesta de forma automática.
Confirmación de conversión de archivos DICOM
Para abrir uno por uno vamos a hacer clic uno por uno en los botones de abrir del panel superior de la ventana
Al hacer clic se nos mostrará una ventana para seleccionar un archivo .nii o .nii.gz, se debe seleccionar un archivo de resonancia magnética. Luego haremos clic en los botones para cargar los B values y B vectors y seleccionaremos sus respectivos archivos.
Botón para cargar el archivo NIFTI
si los tres archivos seleccionados son válidos el programa nos lo informará, en caso de que no, nos mostrará una ventana de error con la razón.
Por otro lado si tenemos los tres archivos de la resonancia procesados en la misma carpeta podemos hacer clic en el botón de Abrir desde carpeta del panel superior y seleccionar la carpeta donde tengamos los tres archivos.
Ejemplo de carpeta con los tres archivos en ella
Una vez hecho esto, el programa recorrerá la carpeta buscando los archivos y nos informará del resultado con un mensaje, en caso de que falle la búsqueda se puede reemplazar cualquiera de los archivos individualmente para continuar con el proceso.
Ventana de confirmación de carga exitosa
Una vez el archivo esté cargado podemos cambiar el color de visualización y la orientación en la pestaña de imagen del panel de la izquierda
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💡 Después de abrir una imagen podemos usar las flechas del teclado (⬅️⬆️⬇️➡️) para cambiar el corte y la imagen actuales. O presionando crtl/shift y moviendo la rueda del ratón🖱️
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Al hacer clic en la pestaña Máscara o presionar Ctrl+2 se nos muestran las opciones de máscara, para generar la máscara inicial podemos dibujarla con las herramientas o generar una máscara median otsu.
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📢 Al abrir una resonancia nueva se crea automáticamente la máscara manual vacía, para seleccionarla debemos cambiar la opción Máscara activa haciendo clic o con la rueda del ratón.
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Para dibujar la máscara manual podemos usar el pincel de la sección de herramientas de máscara y dibujar capa por capa el cerebro o podemos usar la herramienta fill y seleccionar la zona que queremos que llene asegurándonos de ajustar el valor de tolerancia que está a la derecha del botón de la herramienta para que seleccione más o menos según donde hacemos clic.
(Véase Herramientas para la edición de máscara)
Panel de edición de máscara
Debajo de la sección de edición manual de mascara está la sección de mascara median Otsu, en él podemos editar los 3 parámetros explicados a detalle en Objetos y conceptos clave para generar una máscara, al hacer clic en el botón de generar se calculará la máscara en base a la imagen y se agregará a la lista de máscaras posibles para Máscara activa
Es importante revisar que la máscara generada se ajuste a las necesidades de la imagen, pues un radio muy alto o un número de pasadas muy bajo pueden hacer que se pierdan regiones necesarias para mapear algunas regiones.
Resultado de generar máscara otsu y rellenar espacios en blanco con la herramienta fill
<aside> 💡 Las máscaras generadas o cargadas también pueden editarse con las herramientas manuales para hacerlas más precisas
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Con la máscara generada se puede pasar a la pestaña Modelo para generar el que vamos a usar, en la lista de modelos existe un botón para generar el modelo y uno para mostrar el resultado en el corte actual de la visualización, todos los modelos usan automáticamente la máscara activa.
Los modelos son independientes y permanecen almacenados para futuros pasos, por lo que es posible entrenarlos todos y usarlos a elección para comparar.
Abrir la vista previa de cualquier modelo toma el corte actual del panel derecho, por lo que se puede revisar puntos específicos del modelo de así quererse
Sección de modelos
Vistas previas de un modelo de tensor entrenado
Debajo de la sección de los modelos están las opciones de generación de los picos, en esta vamos a escoger el modelo que entrenamos y a generar los picos, cuando acabe de generar se mostrará una vista previa del corte actual sobre la imagen y se podrá mostrar :picos: los picos en las vistas 2D y 3D, esta última puede llegar a tardar un mayor tiempo en imágenes de alta calidad
<aside> 💡 En la vista 3D se puede rotar con clic izquierdo, trasladar con clic central y hacer zoom con clic derecho o la rueda del ratón
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Vista previa de lo picos en un corte
Vista completa de picos generados
Generando picos generados con distintos parámetros es posible comparar sus efectos cambiando de unos a otros y encontrar los valores adecuados para el estudio actual.
<aside> 💡 La vista 3D puede ser útil para ver los bordes de la máscara y ajustar los parámetros o la máscara para cortar zonas con ruido o de materia gris
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Para generar una tractografia de una región de interés específica hace falta dibujar la semilla como una máscara, por lo que en este punto se puede editar una máscara para que actúe como esta, en este ejemplo vamos a usar la máscara manual luego de seleccionarla.
Vamos a descender en el eje axial y con el pincel de tamaño 2 vamos a pintar como se ve en la imagen de abajo guiandonos con los picos.
la región pequeña corresponde a la zona del habla y será nuestra semilla de tractografia
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En la pestaña Tractografia vamos a seleccionar la mascara manual que acabamos de editar para generar una tractografia desde ese punto y hacemos clic en generar y en mostrar
Como nuestra semilla es pequeña podemos generar una tractografia nueva con mayor densidad para ver a más detalle la región, por lo que vamos a subir la densidad a 4 y a presionar nuevamente generar y en mostrar
Esta tractografia ya está lista para ser exportada y usada en el módulo principal, para se presiona el botón de Guardar tractografia y se le pone un nombre tutorial, esto guardará los tractos en la carpeta del paciente para importarlos en el planificador.
Debajo del selector de tractos activos está el selectos de número de grupos objetivo, en este vamos a poner 2 y presionamos en Agrupar , Esto nos generará dos subgrupos de tractos que podemos ver si los seleccionamos en la lista de tractos generados (el nombre es el nombre de los tractos generados con _# al final)