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A continuación hay una explicación paso a paso para generar una tractografia desde 0
Para realizar una tractografia hace falta generar los objetos de la imagen en el orden de arriba a abajo, la interfaz simple se encarga de agrupar la creación de estos objetos en menos pasos.
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Cuando se abre el programa desde el Planificador NVML la carpeta de salida se selecciona automáticamente, en caso de abrirlo de otro modo debe seleccionar la carpeta del paciente en el catálogo
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La aplicación permite realizar la carga de los archivos DICOM de la resonancia de difusión o los archivos de procesamiento para tractografia (NIFTI, BVALS, BVECTS) uno por uno, o si los tres están en la misma carpeta abrirlos en una sola búsqueda.
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Para mantener compatibilidad con el Planificador/Navegador se debe importar desde DICOM al menos la primera vez, si se abre desde archivos para tractografia no se podrán importar en una planificación y mostrar en la navegación.
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Al hacer clic en el botón Abrir desde DICOM Se abrirá un selector para abrir desde una carpeta con archivos DICOM, cuando se seleccione se realizarán las conversiones necesarias y se exportarán en la carpeta de salida seleccionada o puesta de forma automática.
Confirmación de conversión de archivos DICOM
Para abrir uno por uno vamos a hacer clic uno por uno en los botones de abrir del panel superior de la ventana
Al hacer clic se nos mostrará una ventana para seleccionar un archivo .nii o .nii.gz, se debe seleccionar un archivo de resonancia magnética. Luego haremos clic en los botones para cargar los B values y B vectors y seleccionaremos sus respectivos archivos.
Botón para cargar el archivo NIFTI
si los tres archivos seleccionados son válidos el programa nos lo informará, en caso de que no, nos mostrará una ventana de error con la razón.
Por otro lado si tenemos los tres archivos de la resonancia procesados en la misma carpeta podemos hacer clic en el botón de Abrir desde carpeta del panel superior y seleccionar la carpeta donde tengamos los tres archivos.
Ejemplo de carpeta con los tres archivos en ella
Una vez hecho esto, el programa recorrerá la carpeta buscando los archivos y nos informará del resultado con un mensaje, en caso de que falle la búsqueda se puede reemplazar cualquiera de los archivos individualmente para continuar con el proceso.
Ventana de confirmación de carga exitosa
Una vez el archivo esté cargado podemos cambiar el color de visualización y la orientación en la pestaña de imagen del panel de la izquierda
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💡 Después de abrir una imagen podemos usar las flechas del teclado (⬅️⬆️⬇️➡️) para cambiar el corte y la imagen actuales. Y las teclas z , x y c para cambiar de eje.
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Con los datos cargados vamos a seleccionar el modelo que deseamos entrenar en la lista Modelo de la sección 2. Genere el modelo de reconstrucción y luego haremos clic en el botón de generar para empezar el proceso, una vez termine de generar se habrán creado la máscara otsu, el modelo seleccionado y los picos generados por ese modelo.
Para este tutorial vamos a entrenar un modelo CSA para mostrar la limpieza de tractos en el planificador.
Interfaz al terminar de generar los objetos en el paso 2
Presionar el botón Ver modelo toma el corte actual del panel derecho y empieza la vista 3D del resultado, por lo que se puede revisar los resultados en puntos específicos de así quererse.
Vistas previas de un modelo de tensor entrenado
Debajo del botón de generar se podrá abrir una vista de los picos de todo el estudio usando el botón Ver picos 3D , esta última puede llegar a tardar un mayor tiempo en imágenes de alta calidad
<aside> 💡 En la vista 3D se puede rotar con clic izquierdo, trasladar con clic central y hacer zoom con clic derecho o la rueda del ratón
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Vista completa de picos generados
Debajo de la sección 2 se encuentra un interruptor para elegir si se quiere hacer una tractografia total o por semilla, cambiar el estado de este mostrará diferentes opciones en la interfaz.
2.1.1 Dibujar semilla para tractografia
Desactivando el interruptor se desplegará la sección 2.1. para dibujar la semilla para la tractografia
Vamos a descender en el eje axial y con el pincel de tamaño 2 vamos a pintar como se ve en la imagen de abajo guiandonos con los picos.
(Véase Herramientas para edición de máscara)
Panel de edición de máscara
la región pequeña corresponde a la zona del habla y será nuestra semilla de tractografia
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Para dibujar la máscara con los picos activados es útil cambiar el Color de la máscara en la parte superior del panel izquierdo por uno que concuerde en tono con los picos que se busca seleccionar
Los picos que no son azules resaltan y nos muestran que hace falta deseleccionar la zona o limpiar los tractos luego de generarlos
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En la sección 3 vamos a generar una tractografia desde el punto que dibujamos, haremos clic en Generar y en Ver tractografia
Como nuestra semilla es pequeña podemos generar una tractografia nueva con mayor densidad para ver a más detalle la región, por lo que vamos a subir la densidad a 4 y a presionar nuevamente generar y en mostrar
Esta tractografia ya está lista para ser exportada y usada en el módulo principal, para se presiona el botón de Guardar tractografia y se le pone un nombre tutorial_simple, esto guardará los tractos en la carpeta del paciente para importarlos en el planificador.
Debajo del selector de tractos activos está el selectos de número de grupos objetivo, en este vamos a poner 2 y presionamos en Agrupar , Esto nos generará dos subgrupos de tractos que podemos ver si los seleccionamos en la lista de tractos generados (el nombre es el nombre de los tractos generados con _N al final)
Grupo de tractos 1
Adicionalmente podemos guardar estos para agregar al planificador.
Primero seleccionaremos el archivo .vtk que generamos y presionamos aceptar.
El segundo parámetro, la Carpeta de archivos de dMR deberá estar correctamente seleccionada de forma automática si se realizó el proceso empezando en el planificador, en caso de que no se así se debe seleccionar la carpeta de salida seleccionada en el módulo de tractografia.
En la selección del volumen para la fusión seleccionamos RM, pues dará mejores resultados y presionamos siguiente.