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Al igual que el resto de procesos de tractografía, se necesita conocer sobre la anatomía de lo que se busca generar y cualquier validación se debería hacer con ayuda de alguien capacitado
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Para generar tractos de manera automática se pueden utilizar los atlas disponibles en la pestaña de tractografía, estos reemplazan las máscaras de semillas con máscaras predefinidas correspondientes a regiones anatómicas. Estos están disponibles en la pestaña de tractografia o como opción al seleccionar tractografía automática en la interfaz simple.
En la interfaz se pueden seleccionar:
El atlas que se utilizará (ver Lista de regiones automáticas), cada atlas cuenta con un estudio de resonancia T2 que se usara para fusionar con el estudio del paciente y asignar sus regiones al estudio del paciente como máscaras.
La región o subregiones a generar. La opción todas genera todas las disponibles para la selección actual, ya sea todas las del atlas o todas las subregiones de la region actual
Selector de regiones
La transformación a realizar sobre el atlas, estas transformaciones indican como se van a fusionar las regiones del atlas al estudio del paciente
Al escoger una de estas se realizan las anteriores como pasos previos y los resultados pueden ser validados con imágenes exportadas en la carpeta usuarios/<usuario>/sm_tracto/img
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El resultado de esta fusión depende de la calidad de la máscara otsu generada, es importante que esta solo contenga el cerebro del paciente, si se generó con ruido en la zona anterior (nariz, ojos, etc) es mejor editarla manualmente para eliminar estas zonas para asegurar mejores resultados
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Se puede dar el caso que al transformar las ROI se pierdan algunas por su tamaño o por la transformación hecha y resulte en regiones vacías o tractos sin fibras
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